CNRS Le Journal n°301 sep/oct/nov 2020
CNRS Le Journal n°301 sep/oct/nov 2020
  • Prix facial : gratuit

  • Parution : n°301 de sep/oct/nov 2020

  • Périodicité : trimestriel

  • Editeur : CNRS

  • Format : (210 x 270) mm

  • Nombre de pages : 68

  • Taille du fichier PDF : 15,3 Mo

  • Dans ce numéro : Françoise Combes, médaille d'or 2020 du CNRS.

  • Prix de vente (PDF) : gratuit

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UZFOTO/STOCK.ADOBE.COM GRAND FORMAT chercheur au Laboratoire Jacques- Louis Lions 3 et directeur de l’Institut Carnot Smiles. L’augmentation de la concentration du virus dans les eaux usées précède celle des hospitalisations. » Obépine pourrait donc offrir une marge de manœuvre suffisante mais aussi contribuer à éclairer les pouvoirs publics dans leurs prises de décision et pour adapter la réponse sanitaire. Par exemple, dès le mois de juin, Obépine a pu observer la remontée de la circulation du virus. Cette remontée, qui confirme le caractère précurseur du signal présent dans les eaux usées, obéit toutefois à une dynamique différente de celle d’avant le confinement, du moins pour certaines villes. En effet, elle est beaucoup plus lente et régulière. Les chercheurs analysent ce phénomène comme pouvant être en lien avec les gestes barrières et la réduction de la mobilité des populations. La mission a été confirmée par une dotation supplémentaire at tribuée par la ministre de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation début juillet pour déployer le réseau dès l’automne 2020 en concertation avec le ministère des 3. Unité CNRS/Sorbonne Université/Université de Paris/Inria. 32 -I CNRS LE JOURNAL Station de traitement des eaux usées. Solidarités et de la Santé, le ministère de l’Intérieur et le ministère de la Transition écologique. Une aquathèque des eaux usées Pour remplir sa mission, Obépine devra recevoir au moins deux échantillons par semaine des stations d’épuration partenaires. En voici le parcours type  : chaque station est dotée d’un préleveur automatique qui, goutte à goutte, rassemble en 24 heures un demi-litre de liquide dans un récipient réfrigéré. Celui-ci sera expédié vers l’un des laboratoires d’Obépine. Là, à l’aide de filtres ou de centrifugeuses, les micro-organismes présents dans l’échantillon seront concentrés. Ce concentrat de virus subira alors un test PCR (polymerase chain reaction ou réaction de polymérisation en chaîne) qui permettra non seulement de détecter la présence du SARS-CoV-2, mais aussi d’en mesurer la concentration, exprimée en nombre de génomes par litre. Une fois ces résultats centralisés, les chercheurs auront à traiter les données, opération plus complexe qu’il n’y paraît. Par exemple, une pluie qui s’abattrait sur une ville pourrait diluer les eaux usées et donc abaisser la concentration du virus... Au-delà de la situation sanitaire actuelle, l’observatoire s’inscrit dans le champ de recherche émergent de l’épidémiologie des eaux usées. « Le virus de la poliomyélite est aujourd’hui en phase d’éradication grâce à l’utilisation massive du vaccin. Au cours de l’éradication, pour vérifier qu’un pays était exempt de poliovirus, on utilisait souvent les eaux usées, une méthode pratiquée depuis plus de trente ans, explique Christophe Gantzer. C’est parce que ces approches étaient déjà connues que, très rapidement, l’idée de l’adapter au coronavirus a émergé. » L’une des propositions des chercheurs est de créer une banque d’eaux usées. Par exemple, si un nouveau pathogène venait nous menacer, cette « aquathèque » permettrait de remonter le temps pour déterminer le moment de son apparition et mieux comprendre sa propagation. Obépine pourrait devenir une structure pérenne et un outil de recherche unique au service de l’épidémiologie. La préparation à la prochaine crise sanitaire passe aussi par là.
VIVANT MATIÈRE Détecter le Covid-19 au bout du souffle Début juin, une boîte grise format réfrigérateur, munie d’un écran tactile et d’un long tube flexible, est apparue dans les services Covid-19 de l’hôpital de la Croix-Rousse, à Lyon. Des semaines durant, des chercheurs de l’Institut de recherches sur la catalyse et l'environnement de Lyon (Ircelyon) 1 ont invité les patients et le personnel soignant à souffler dedans. Leur espoir ? Obtenir une méthode de détection précise, immédiate et non invasive de la maladie. L’appareil en question, un Vocus PTR-TOF, n’est autre qu’un spectromètre de masse du constructeur suisse Tofwerk, dont la sensibilité et la résolution inégalées dans le monde permettent d’identifier et de quantifier les molécules gazeuses d’un échantillon d’air. « Nous sommes les premiers à y avoir eu accès grâce au soutien de la région Auvergne Rhône- Alpes, des fonds européens de développement régional (Feder) et de l’État », se félicite Matthieu Riva, chercheur à l’Ircelyon. Trouver la « signature » du Covid-19 À l’origine du projet, ces faits biologiques  : l’air que nous expirons contient des milliers de molécules dont la composition varie selon notre état de santé. Lors d’une infection par exemple, nos cellules, asservies par le virus, s’emploient à fabriquer des protéines virales et délaissent une grande partie de leurs activités normales. Les molécules expulsées par une personne malade peuvent donc différer de celles d’une personne saine. Si l’on parvenait à identifier des composés volatiles typiques du Covid-19, une MATTHIEU RIVA/IRCELYON Une nouvelle méthode est testée pour détecter le Covid-19 dans l’air expiré. Elle pourrait aussi s'appliquer au dépistage d'autres pathologies respiratoires. PAR SEBASTIÁN ESCALÓN sorte de « signature », on pourrait mettre au point une méthode de dépistage de la maladie via le souffle. Simple comme un éthylotest Les chimistes de l’atmosphère de l’Ircelyon se sont alliés aux spécialistes des virus du Centre international de recherche en infectiologie 2, aux spécialistes en chimiométrie de l’Institut des sciences analytiques 3 et aux médecins des services d’infectiologie et de réanimation de la Croix-Rousse. L’analyse des données récoltées a déjà validé leur approche  : « Nous avons établi en septembre la preuve que le diagnostic par l'air expiré est possible », commente Christian George, directeur adjoint de l’Ircelyon. Depuis l’éthylotest mesurant le taux d’alcool dans l’air expiré, mis au point en 1954, les chercheurs s’intéressent au diagnostic fondé sur le souffle. Mais les molécules volatiles pouvant servir de marqueur d’une pathologie étaient toujours en trop faible concentration. Pire  : milieu humide et chaud, l’air expiré se prête mal aux mesures et met à mal la robustesse des résultats. La nouvelle génération de spectromètres de masse rouvre aujourd’hui cet horizon. La médecine devrait profiter en premier lieu de cette petite révolution technologique et notamment le dépistage du Covid-19. « On peut imaginer un instrument très simple, doté d’un logiciel de traitement des données, avec un voyant rouge et un voyant vert », explique Matthieu Riva. Il ne faudrait alors que quelques minutes pour recommander ou non à une personne un confinement. Les molécules volatiles propres au Covid-19 pourraient aussi apporter des renseignements précieux sur les modifications métaboliques induites par le nouveau coronavirus. Et l’appareil pourrait faire partie du suivi des patients et informer les médecins sur l’effet des traitements. Les chercheurs veulent aussi transposer le concept à d’autres maladies comme la légionellose ou le cancer. Et ainsi donner, peut-être, un nouveau souffle au diagnostic médical… a Un membre du personnel soignant souffle dans le tube de prélèvement du spectromètre de masse Vocus, à l'hôpital de la Croix-Rousse à Lyon. 1. Unité CNRS/Université Claude Bernard Lyon 1. 2. Unité CNRS/Université Claude Bernard Lyon 1/Inserm/ENS de Lyon. 3. Unité CNRS/Université Claude Bernard Lyon 1. COVID-19 N°301 33



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