CNRS Le Journal n°300 jun/jui/aoû 2020
CNRS Le Journal n°300 jun/jui/aoû 2020
  • Prix facial : gratuit

  • Parution : n°300 de jun/jui/aoû 2020

  • Périodicité : trimestriel

  • Editeur : CNRS

  • Format : (210 x 270) mm

  • Nombre de pages : 68

  • Taille du fichier PDF : 9,6 Mo

  • Dans ce numéro : spécial covid-19.

  • Prix de vente (PDF) : gratuit

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SPÉCIAL COVID-19 respiratoryrfruses human matapneumovIrus...Y. myYemlmed. mes., Mafflu -. pig.rk nomalratsny tnrit Inlerkkme henbatopoletic -stem osa transplantation DAVID CHAVALARIAS ; LOGICIELS DE TEXT-MINING ET VISUALISATION UTILISÉS  : HTTP://GARGANTEXT.ORG ET HTTP://GEPHI.ORG 34 letiVe nrisdrillffl la « thann. — - resplratory symptoms - — - antimitiobial resistance/11/11/11/11/11/11/Meleigelie, molecular characterizationgi-19 linea-1 middle east respiratory syndrome coronavirus CNRS LE JOURNAL host cd26/dipepticiy1 ad5/merS Wertbonas Immun cormwdna. WI.Sgr bat h ku4 coronavirus — h r 1 pepticleinhibitor drug developers'vialeg fiuman coronavirus 229e membrane tusion tr2 - tetratricopeptide repeats-I programmed-1 ribasomal frameshifting sgrna-8 sars-cov 3c-like protease inhibitors 3c1 ro Inhlhltarx 3c-like protease polypeptides linéaie a betacoronavirusns2 proteins endopiaSmic retitulurtl phylog enetic analyeis.._- ganatle diversity -  : _". - reerence st mraàa. alpha-5 9yoogroieln. pcv3 - phosphorylation resuitont proteins epœà. sab hmearlI Led.rrn UMM'
le01111M1001/1/0/M h120 ràlns ed...en Le coronavirus en un coup d’œil cd4cd8 y - ifn-gamma cytokines ta multiple sclerosis entrai nervous system demyelinabo brin microg iia.7- - - stracites wild-type mime macrophages Informatique. L’Institut des systèmes complexes de Paris Île-de-France a publié plusieurs cartes construites à partir de l’analyse automatisée de l'ensemble des publications scientifiques sur le sujet. Son directeur David Chavalarias nous explique leur intérêt. PROPOS RECUEILLIS PAR JULIEN BOURDET Cartographie des 1000 mots clés les plus centraux d'un corpus PubMed sur le coronavirus (6 560 documents publiés entre le 1er janvier 2000 et le 5 Février 2020). Les scientifiques ont accès à une très grande masse d'informations dans laquelle il est souvent difficile de se retrouver. Par l'analyse de plusieurs milliers d'articles, les cartographies interactives 1 permettent de faire ressortir les principales thématiques abordées sur le virus et la façon dont elles s'organisent. D'un seul coup d’œil, on peut ainsi visualiser l'état de l'art de la recherche sur le sujet et accéder directement aux articles pertinents. Ces cartes ont été créées avec le logiciel Gargantext, sur lequel je travaille depuis 2013 avec Alexandre Delanoë. L'outil effectue d’abord une « fouille de données textuelles » sur tout le corpus pour en extraire les termes les plus représentatifs. Puis une fois ces mots-clés identifiés, on cherche à savoir à quel point ils sont liés – par exemple dans un autre domaine, « cancer » à une forte chance d'être associé à « tabac ». Sur la carte, chaque point représente un terme (plus le point est gros, plus il est central CARTOGRAPHIE dans le réseau). Les termes associés sont reliés entre eux par des lignes. On voit alors clairement apparaître, sous la forme d’amas de différentes couleurs, des thématiques de recherche portées par des communautés particulières (le coronavirus chez l'homme, chez le porc, les symptômes de la maladie, etc.). À titre d’exemple concret, nous avons réalisé, le 11 avril, une carte sur l’ensemble des essais cliniques de traitements contre la maladie Covid-19 recensés par l’Organisation mondiale de la santé. Elle peut aider à coordonner les recherches en offrant une vision synthétique des pistes explorées par les essais cliniques en cours et passés, les combinaisons de traitements et les résultats attendus ou observés. On pourra ainsi tenter de nouvelles pistes en évitant de répéter des études similaires. Notre objectif est que ce genre de visualisation devienne un standard pour éclairer les chercheurs sur les grands enjeux de leur recherche. Gargantext est un logiciel libre et tout un chacun peut l'utiliser pour créer sa propre cartographie 2 dans divers domaines  : programmes politiques des candidats à une élection, dépôt de brevets ou pages web d’entreprises dans le cadre d’une veille technologique... Très bientôt, le logiciel sera collaboratif. L'idée est de produire des cartes de manière cumulative, qui puissent évoluer et s'améliorer en fonction du contexte et de la production scientifique. » ii Lire l’intégralité de l’entretien sur lejournal.cnrs.fr 1. À consulter sur https://iscpif.fr/chavalarias/ ? p=1712 2. Plus d'informations sur gargantext.org N°300 35



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